Este espacio museográfico, situado en la casa en la que vivió el patrón madrileño, propone un viaje por la historia de la ciudad de Madrid desde la Prehistoria hasta el establecimiento de la Corte. Alberga el patrimonio arqueológico y paleontológico de la ciudad, mostrando más de 500.000 años de historia a través de objetos, maquetas y grabados. El museo conserva elementos originales como el patio renacentista del siglo XVI, la capilla del XVII y el Pozo del Milagro.
Conferencia sobre las deportaciones en Asiria durante el Bronce Reciente.
El Museo de San Isidro celebra la festividad de San Isidro con visitas especiales.
Conferencia sobre el gobierno y la administración en la Roma clásica dentro del ciclo 'Los Clásicos en el Museo IV'.
Conferencia sobre la Ciencia en la antigua India en el Museo de San Isidro.
